Efekt biopaliv je sporný, jejich vyšší přimíchávání zdraží pohonné hmoty a sníží životnost automobilů. Některé studie dospěly k závěru, že přírodě škodí více biopaliva než nafta a benzin. Tímto prezident Václav Klaus vysvětloval, proč vetoval zákon zvyšující podíl biopaliv v benzinu a naftě. Za to se do hlavy státu ostře obul významný hráč na trhu s biopalivy Andrej Babiš.
„Do své války o vizi ochrany ovzduší a nedůvěry v dopady efektu CO2 prezident zavlekl české investory, kteří jen v ČR do tohoto odvětví investovali více než deset miliard korun,“ uvedl majitel Agrofertu v prohlášení ke Klausovu vetu. „V rámci osobní prestiže a války s Evropskou unií poškodil domácí zemědělce, výrobce biopaliv i image České republiky. Stát vystavil sankcím za neplnění závazků, které svým podpisem na přístupových dohodách k EU napomohl zavést,“ kritizoval byznysmen. Klausovi přičítá, že poškozuje český zpracovatelský průmysl, a naopak podporuje výrobce v okolních zemích. A to tím, že narušil již uzavřené smlouvy mezi zemědělci a zpracovateli z letošní úrody, a sklizeň skončí v zahraničí. Majitel Agrofertu odmítá prezidentův argument, že biopaliva zdražují pohonné hmoty. „Jen za poslední čtyři měsíce narostla cena o víc než čtyři koruny na litru kvůli vyšší spotřební dani a ceně ropy bez jakéhokoli vlivu biopaliv,“ zdůrazňuje Babiš. Připomíná, že stát přitom není schopen vybrat v průměru kolem deseti miliard korun ročně z daňových úniků při obchodu s motorovými palivy. Klausovu obavu o motory smetl výrobce biopaliv slovy, že prezident argumentuje nekvalifikovaně bez znalosti informací.
