Některé zájemce o biopotraviny odrazuje jejich vyšší cena. Na pultech stojí zpravidla o třetinu více než konvenční potraviny, v případě masa jsou dražší až o 100 procent. Podle Markéty Doubravské ze sdružení Pro-bio vyšší ceny způsobuje způsob pěstování biopotravin i chovu hospodářských zvířat.
V ekologickém zemědělství se například nepoužívají chemická hnojiva, proto jsou výnosy nižší, mnohem více se uplatňuje iruční práce. Chybí také zpracovatelé, takže cenu zvyšuje nákladný svoz surovin do vzdálených zpracovatelských středisek, například speciálních jatek. „V yšší cenu vyvažuje kvalita potravin, péče o krajinu a životní prostředí,“ připomíná Doubravská. „Dopady na přírodu a životní prostředí u konvenčního zemědělství nejsou zohledňovány,“ dodala. S tím, že by všechny biopotraviny měly být dražší než konvenční nesouhlasí Tomáš Václavík z firmy Green marketing. „Záleží na komoditě,“ upozorňuje. Podle Václavíka například na jaře prodával zemědělec na trhu v Brně biozeleninu, konkrétně salát, levněji než v supermarketu. V současnosti se ekologickému zemědělství a potravinářství v České republice věnuje asi 700 zemědělců a zpracovatelů, z toho 500 je členy sdružení Pro-bio.
