Ve dnech 29. a 30. září 2010 odeslal Platební a certifikační orgán (Ministerstvo financí) Evropské komisi závěrečné žádosti o platbu za programové období 2004-2006. Prostředky strukturálních fondů v období 2004 - 2006 byly konečnými příjemci vynakládány až do poloviny roku 2009, poté měly členské státy rok a čtvrt na uzavření všech programů (tj. na zaúčtování zbývajících prostředků, jejich kontrolu, certifikaci a audit).
Autor: Ministerstvo financí ČR
Tímto krokem došlo k uzavření programového období 2004-2006 ze strany ČR. Po kladném posouzení těchto žádostí Evropskou komisí dojde k vyplacení zbývajících 5 %, které jsou na dané operační programy doposud zadržovány.
Česká republika byla při čerpání strukturálních fondů v programovém období 2004-2006 mimořádně úspěšná. Z celkového počtu třinácti operačních programů vyčerpalo deset programů svou alokaci na 100 %, všechny zbývající se pohybují nad 90 %. Celkově bylo v tomto období z evropských prostředků vyčerpáno 1 684,76 mil. EUR, což představuje 99,54 % z alokace přidělené ČR v rámci strukturálních fondů pro programové období 2004-2006.