MINISTERSTVO DOPRAVY V ROCE 1999 CHARAKTERIZOVALO ČESKOU ŽELEZNICI TAKTO: "PROVOZ ČESKÝCH DRAH JE VYSOCE ZTRÁTOVÝ, CHYBÍ KVALITNÍ PŘÍMĚSTSKÁ ŽELEZNIČNÍ DOPRAVA, CESTUJÍCÍ STÁLE VÍCE DÁVAJÍ PŘED ŽELEZNICÍ PŘEDNOST INDIVIDUÁLNÍ AUTOMOBILOVÉ DOPRAVĚ."
MINISTERSTVO DOPRAVY V ROCE 1999 CHARAKTERIZOVALO ČESKOU ŽELEZNICI TAKTO: „PROVOZ ČESKÝCH DRAH JE VYSOCE ZTRÁTOVÝ, CHYBÍ KVALITNÍ PŘÍMĚSTSKÁ ŽELEZNIČNÍ DOPRAVA, CESTUJÍCÍ STÁLE VÍCE DÁVAJÍ PŘED ŽELEZNICÍ PŘEDNOST INDIVIDUÁLNÍ AUTOMOBILOVÉ DOPRAVĚ.“
Železniční síť trpí řadou rychlostních omezení, což zpomaluje provoz vlaků. Řada tratí nevyhovuje mezinárodním standardům a vozový park je zastaralý a nedostatečně udržovaný. Politici, kteří mají prostřednictvím ministerstva dopravy na České dráhy stále velký vliv, slibovali, že když ze státních drah udělají akciovou společnost situace se zlepší. Podle řady odborníků však zůstávají zmiňované problémy bolestí železnice ještě dnes. Podstatou transformace není podle některých názorů nabídnout zákazníkům lepší služby, ale oddlužit firmu na úkor daňových poplatníků a potom ji výhodně prodat. To první se už stalo. Vláda rozhodla, že dluhy po bývalých státních drahách převezme Konsolidační agentura. Dopravní expert Emanuel Šíp k tomu dodává: „Reorganizace nezměnila, a ani neměla za cíl měnit cokoli z tradičních bolestí Českých státních drah jako zhoršování stavu nekoridorových tratí, chátrání parku vozidel, přelidněnost zejména v železničních stanicích, neprůhledné a neefektivní hospodaření, tendenci zabředávat do dluhů ani nízkou kvalitu a spolehlivost služeb zákazníkům. Pokud by tam byly pozitivní zásahy, stejně by se na hospodaření neprojevily dříve než za jeden až jeden a půl roku. Zatím nejsou vidět.“