Zásadní změnou ve správním soudnictví je připuštění opravného prostředku proti pravomocnému rozhodnutí soudu. Tímto opravným prostředkem je kasační stížnost, o které rozhoduje Nejvyšší správní soud. Kasační stížnost musí být podána do dvou týdnů po doručení rozhodnutí správního soudu, přičemž může být podána jak daňovým subjektem, tak žalovaným správcem daně.
Kasační stížnost se podává u soudu, který napadené rozhodnutí vydal, a nemá odkladný účinek. Nejvyšší správní soud jej však může na návrh stěžovatele přiznat. Nejvyšší správní soud o kasační stížnosti rozhoduje bez jednání. Rozsudkem může buď rozhodnutí správního soudu zrušit a věc vrátit k dalšímu řízení, nebo ji zamítnout. V případě zrušení rozhodnutí správního soudu je soud vázán v dalším řízení právním názorem vysloveným Nejvyšším správním soudem ve zrušovacím rozhodnutí.
