- V roce 2000 utrpěl Fischer ztrátu 646 milionů korun (téměř půl miliardy ztráty vykázala Fischer, s. r. o., dalších 147 milionů pak Cestovní kancelář Fischer a Fischer Air) a začal mluvit o prodeji podílu ve firmě zahraničnímu investorovi.
2000/2001 Důvodem ztrát byly podle vyjádření jeho mluvčí Věry Kudynové investice do budov, slabá koruna a drahé letecké palivo.
V roce 2001 hospodařila Fischerova skupina s čistým ziskem 75 milionů, vloni téměř 60 milionů. Její tržby klesly vloni oproti roku 2001 o 236 milionů na 3,276 miliardy korun.
2003 - Na začátku roku informovala Evropská cestovní pojišťovna ministerstvo pro místní rozvoj, že CK Fischer nemá pojištěny zájezdy. Asociace cestovních kanceláří ČR zaslala podnět na antimonopolní úřad, stejně tak Asociace českých cestovních kanceláří a agentur. Ta podala na Fischera i trestní oznámení. Problém byl v tom, že pool pojišťoven, u kterého má Fischer pojistku, stanovil pro letošní rok sníženou hranici pojistného krytí. Protože tržby firmy tuto hranici několikanásobně překračují, bylo třeba najít zahraničního zajistitele na pojistné krytí celých tržeb. Pojištění uzavřel Fischer na začátku února (viz Profit 7/2003).
2003 - V dubnu MfD informuje o tom, že celní správa zadržela jedno ze tří letadel Fischer Air kvůli daňovému dluhu vůči státu. CK dluh neuznala a Fischer obvinil úředníky z toho, že ohrožují jeho investice. Problém zřejmě vznikl při změně celního režimu. Na letadla, jak je užívá Fischer, se neuvaluje clo, ale jen DPH, kterou stát po jejím uhrazení zase vrátí.
