V roce 1995 byl Švejnar jedním ze tří členů hodnotící komise
Když byl Václav Klaus jmenován v roce 1995 profesorem Vysoké školy ekonomické v Praze (VŠE), bylo to i díky Janu Švejnarovi. Ten byl tehdy jedním ze tří členů hodnotící komise, jež Klause na profesuru doporučila, přičemž profesor ekonomie z Michiganské univerzity byl v komisi jediným zahraničním členem. Dalšími hodnotiteli byli pedagogové VŠE Jaroslav Pilný a Václav Bakule. Úkolem vědců bylo komplexně zhodnotit akademický profil Václava Klause, jeho kariéru a úroveň jeho publikační a pedagogické činnosti. Komise poté sepsala zprávu, dle níž vědecká rada Fakulty financí a účetnictví rozhodovala o Klausově jmenování.
Pakliže ale Jan Švejnar před třinácti lety uznával tehdejšího předsedu vlády za dobrého ekonoma, dnes už je zřejmě kritičtější. „Pokud Václav Klaus sepsal nějaký seriózní koncept ekonomické transformace, rád bych si jej přečetl. Zásluhy na realizaci kupónové privatizace, která mimo jiné obohatila světový slovník o pojem ,tunelování´, ale Klausovi upřít nelze,“ píše Švejnar v knize Strategie ekonomické přeměny Československa. Výtky však přicházejí i ze druhé strany. Podle prezidenta Klause nepatřil zase jeho nynější protikandidát Švejnar mezi významné osobnosti české transformace a k této době nic relevantního neřekl.
