Novela zákona vstoupila v platnost v roce 2017 i přes odpor hnutí ANO a veto prezidenta. Podpořily ji tehdejší vládní strany ČSSD a KDU-ČSL spolu s většinou opozice. Zákon dopadl hlavně na tehdejšího ministra financí a nynějšího předsedu vlády Andreje Babiše (ANO), který poté vložil akcie svých firem Agrofert a SynBiol do svěřenských fondů.
Návrh na zrušení série sporných ustanovení podali k Ústavnímu soudu před třemi lety jednak prezident Zeman, jednak skupina poslanců, převážně z hnutí ANO. Soud obě řízení spojil do jednoho. Zeman pak délku řízení kritizoval.
Čtěte komentář: Babiš nejsilnější
Prezidentův návrh z února 2017 označoval kritizovaná ustanovení za nepřiměřená, případně rovnou neúčinná. Podle poslaneckého podnětu zákon nepřiměřeně zasahuje do vlastnických práv členů vlády a omezuje jejich právo podnikat, a to nepředvídatelně, během výkonu funkce. Poslanci kritizovali také údajně zmatečný legislativní proces a nepřiměřené, místy absurdní dopady právní úpravy. Zdůraznili i to, že sporná část zákona byla přijata kvůli konkrétnímu člověku - Babišovi. Postrádá tedy podle nich všeobecnost, důležitý rys právního předpisu.
Otázkou, jestli je Babiš nadále ve střetu zájmů, se zabývají i orgány Evropské unie. Konečnou zprávu týkající se dotací ze strukturálních fondů vyplácených Agrofertu poslala Evropská komise českým úřadům koncem listopadu 2019. Podle auditu Babiš porušil české i evropské předpisy o střetu zájmů, protože nadále Agrofert ovládá. Babiš střet zájmů odmítá a kritizuje to, že komise podle něj interpretuje české právo.
