Stát by měl v letech 2007 až 2010 investovat do protipovodňových opatření zhruba osm až deset miliard korun. To je dvojnásobek proti původně předpokládaným čtyřem až pěti miliardám. Vláda počítá také s tím, že bude k dispozici protipovodňový fond v objemu deseti až 15 miliard korun.
Jeho zřízení má kabinetu v krátké době navrhnout ministr zemědělství Jan Mládek.
Fond má mít formu zvláštního účtu, na němž se sejdou peníze z rozpočtu, privatizace a hlavně z půjčky od Evropské investiční banky. I při zajištění dostatečného množství peněz výstavba protipovodňových opatření v některých případech naráží na postoje ochrany přírody, vlastníků půdy a nemovitostí či na odpor obcí k územním řízením a změnám územního plánu. Důsledkem je pak podstatné zdržení některých akcí.
