Příčiny současného nedobrého obrazu ČR ve vztahu k budoucímu členství v EU lze rozdělit do tří skupin.
První tvoří systémové chyby transformace, které integrační proces ovlivňují, nemají však bezprostřední dopad na samotný obraz integračních snah.
Druhou kategorii příčin současného stavu tvoří negativní politické vlivy, a to ať už ze strany ČR, nebo z EU.
Co se týče ČR, integrační proces negativně ovlivnila malá akceschopnost vlád v letech 1996 - 1998, ale i předčasné volby. V Klausově vládě byla hlavní příčinou celková vyčerpanost, intelektuální i morální, a v Tošovského vládě to byla její přechodnost bez dlouhodobých strategických kroků.
Ze strany EU ovlivnil celý proces neúspěch jednání o změnách Maastrichtské smlouvy. Výsledný produkt, takzvaná Amsterdamská smlouva, je pouze slabým odvarem velkých očekávání. Týká se to především reformy jednotlivých institucí a financování společné zemědělské politiky. Zdá se, že instituce EU v současné podobě nejsou vůbec připraveny na rozšíření, a to je také jeden z důvodů negativních signálů vycházejících z Evropské komise.
Třetí kategorie nedostatků ovlivňuje integrační proces přímo. Nemají ekonomické pozadí a jsou přímým důsledkem (ne)činnosti příslušných orgánů a institucí.
Nejdůležitějším prvkem je převládající slabé povědomí o smyslu celého procesu, z něho se totiž odvíjejí nedostatky zásadního významu.
Při vyslovení slov „evropská integrace si velká část veřejnosti vybaví pojem „bruselská byrokracie . Na tom by nebylo nic špatného, kdyby zde existovalo něco jako „obecné vzdělání o EU, které by příjemcům zpráv umožnilo negativa korigovat na základě obecného vzdělání v této oblasti. Nedostatek obecného evropského vzdělání je nejtíživější u českých politických elit, které nejzásadněji mohou ovlivnit obecný přístup, a to jak veřejnosti, tak státní správy.
Žádná vládní koalice dosud ani do exekutivy nenominovala politika, který by smyslu evropské integrace rozuměl, věřil mu a dokázal ho prosazovat. K tomu je zapotřebí nejméně podpora vlastní politické strany, hluboké obecné integrační vzdělání a schopnost předávat informace ve srozumitelné podobě veřejnosti. Jedi-ným politikem, který splňoval podmínky, byl bývalý náměstek ministra zahraničí Pavel Bratinka. Zdá se, že Mr. Europe nové vlády nemá ani jeden z výše uvedených minimálních předpokladů.
Obdobnou situaci můžeme nalézt i v poslaneckých lavicích. Pouze malé skupinky poslanců se opravdu užitečným způsobem zapojily do integračního procesu. Většina z nich nadále nechápe integraci ani jako osobní, ani jako politickou prioritu. Posledním důkazem bylo hlasování o novele zákona o loteriích, kde zájmy českého monopolu převážily nad zájmy obecně integračními.
Paradoxně nejvyšší známku by obdrželi politici komunální z míst, kde se velice úspěšně rozvíjí spolupráce s regiony některého ze sousedních států EU.
Otázka integrace je do značné míry meziresortní, důsledkem takového rozhodnutí by tedy mělo být vytvoření silného koordinačního orgánu, nejlépe přímo odpovědného předsedovi vlády. Místo toho se tato role svěřila ministerstvu zahraniční, a tím vznikla představa, že jde pouze o záležitost diplomatů. Samotné ministerstvo zahraniční nemohlo vzhledem k omezeným kapacitám a odborným možnostem svou koordinační roli ani plnit. Vznikl sice Výbor pro evropskou integraci, složený z vybraných ministrů pod vedením předsedy vlády, podklady však nadále připravovalo ministerstvo zahraničí.
Neexistence jednoho koordinačního celku se vymstila při přípravě tzv. pozičních dokumentů. Ty mají dvě části - přehled stavu v dané oblasti z hlediska členství v EU a návrh vyjednavací pozice. Jednotlivé resorty se v pozičních dokumentech vůbec poprvé pokusily shrnout stav připravenosti ČR v jednotlivých oblastech. Ministerstvo zahraničí mohlo vzhledem ke svým možnostem plnit pouze omezenou koordinaci.
Balíky dokumentů se pak do- staly přímo na jednání vlády, která se ovšem nemohla zabývat podrobně každým z 23 pozičních dokumentů zvlášť. Byl tedy narychlo přijat seznam kritérií, podle kterých se dokumenty hodnotily.
Jediným správným řešením by bylo, kdyby tyto dostal do rukou speciální tým odborníků, soustředěný na jediném místě a podléhající přímo premiérovi, který by dokumenty zhodnotil z hlediska úplnosti. (Takový model se osvědčil v Rakousku.) Vznik takového týmu je nezbytný ještě z dalšího důvodu. V české státní správě existuje vysoká míra řevnivosti mezi jednotlivými resorty. Společné řešení problému je téměř vždy obtížné a mnohdy se raději jeden problém řeší na více resortech, mnohdy s různým výsledkem. Tato řevnivost byla podporována i politickým rozhodováním státní správy, kdy některé politické strany vnímaly ministerstva jako jim přidělená privilegia.
Kvalita pozičních dokumentů má velký vliv na proces takzvaného screeningu, během kterého EU prověřuje, nakolik jsou opravdu normy EU implementovány do právního řádu ČR. Až zde se odhalují nedostatky, které ovšem bylo možno odstranit, kdyby příprava a kontrola pozičních dokumentů probíhala jiným způsobem.
