Prvním ředitelem Ústavu pro studium totalitních režimů (ÚSTR) byl k 1. lednu 2008 bez výběrového řízení jmenován Pavel Žáček. Rada ÚSTR posléze rozhodla, že místo ředitele bude obsazeno řádným výběrovým řízením. To proběhlo až ve středu 17. února 2010 a rada v něm zvolila historika Jiřího Pernese, dosud člena vědecké rady ÚSTR působícího v Ústavu pro soudobé dějiny Akademie věd. Funkce se ujme 1. dubna.
ÚSTR za dobu své existence proslul v mnoha ohledech, většinou se však s rolí akademické instituce neslučovaly. Naopak asertivním mediálním zviditelňováním přebily to pozitivní, co ÚSTR předpokládaně též vytvořil. Jeho povrchní černobílá interpretace nedávných dějin připomínala ono zle proslulé „když se kácí les, létají třísky“. Byť jsou ohlasy na změnu ve vedení ÚSTR velmi diplomatické, lze říci, že byla logická a žádoucí.
Od historika Jiřího Pernese se právem očekává uklidnění situace kolem ÚSTR, důsledné vyřešení vnitřních problémů a nasměrování instituce z postrevolučně politických kališť do průzračných akademických vod. Nový šéf má silný mandát k tomu, aby jeho kroky nebyly polovičaté. Doufejme, že tato instituce začne plnit svoji úlohu spočívající v systematickém bádání o totalitních jevech, a nikoli v lacině barvotiskovém pojednávání osudů jednotlivců. Novému řediteli i sobě přejme, aby byl úspěšný.
