Příběh organizace Prvním aktem, který odstartoval reformu českého vězeňství, byla amnestie za tzv. trestné činy proti republice a některé další trestné činy, při níž bylo 8. 12. 1989 propuštěno celkem 52 vězňů. Jen pár týdnů nato prezident Václav Havel vyhlásil další, dosud nejvelkorysejší amnestii, po níž ve vězení zůstalo pouhých šest tisíc osob z původních dvaadvaceti tisíc. Následovalo zrušení trestu smrti, který byl nahrazen doživotním vězením.
V roce 1992 byla zpracována nová koncepce českého vězeňství v duchu Evropských vězeňských pravidel, ale i vlastních humanistických tradic. Následoval ji zákon o Vězeňské službě a justiční stráži, který reformoval organizaci, řízení a výkon českého vězeňství. Vznikly tři skupiny zaměstnanců: vězeňská stráž, justiční stráž a dále správní služba s civilními zaměstnanci. Dozorová činnost prokurátorů zanikla transformací prokuratury na státní zastupitelství. Sbor nápravné výchovy byl zrušen k lednu 1993 a na jeho troskách vznikla Vězeňská služba ČR, zbavená přímého vlivu politických stran, zbytečných militantních prvků, neúměrné centralizace a byrokracie. Reforma vězeňství stále pokračuje. Například koncem srpna podepsal prezident Miloš Zeman zákony o výkonu vazby a o výkonu trestu odnětí svobody. Úpravy mají zlidštit podmínky ve vazebních věznicích a přiblížit je realitě, že v těchto prostorách jsou dočasně umístěni lidé, na něž zákon pohlíží stále jako na nevinné. Obviněným bude umožněn častější kontakt s rodinou prostřednictvím telefonu, zvýší se počet návštěv, které budou moci přijmout, a daleko častěji se má také využívat vazby ve zmírněném režimu. Podmínky vazby by již neměly být tak stresující a nedůstojné, jako tomu bylo podle starých norem. Na druhou stranu norma posiluje i bezpečnost. Zavádí kategorii velmi nebezpečných odsouzených, kteří mohou být dlouhodobě a opakovaně umísťováni do oddělení se zesíleným stavebně-technickým zabezpečením. Novela také znemožní vězňům mít při sobě finanční hotovost.
Vězeňská služba zajišťuje provoz vězeňských zařízení, výkon vazby a výkon trestu odnětí svobody a bezpečnost na soudech a v ministerstvu spravedlnosti. Spravuje pětatřicet věznic aktuálně obsazených šestnácti tisíci vězni. Ještě loni se ale potýkala s přeplněností s více než třiadvaceti tisíci vězněnými osobami. Jejich počet trvale stoupal od roku 2008.
Mezi vězněnými dominují muži, z nichž třiačtyřicet je odsouzeno k doživotí. Žen za mřížemi žije necelých devět set, dvě z nich si odpykávají doživotní trest. V průměru tři pětiny práceschopných pracuje, tento podíl se drží od roku 2007. Od roku 2010 bylo uloženo více než 850 trestů domácího vězení. Ke konci loňského roku bylo v jeho výkonu 330 odsouzených. Dosavadní úspora dosáhla více než 107 milionů korun na nákladech za případný trest odnětí svobody.
Chod vězeňské služby zajišťuje 11 tisíc zaměstnanců, z nichž třetina je civilních. Příslušníci si v průměru vydělávají šestadvacet a půl tisíce korun, občanští zaměstnanci o tisícovku méně.
