Vysoká škola chemicko-technologická v Praze ve spolupráci s Pražskými vodovody a kanalizacemi vyvinula analytickou metodu k odhalování skutečného rozsahu epidemie. Je založená na stanovení obsahu RNA viru SARS-CoV-2 v odpadních vodách.
Oproti screeningovému testování má tento postup několik zásadních výhod. Například je zcela nezávislý na ochotě nakažených podstoupit klinické testování, získává data s předstihem, je výrazně levnější a také umožňuje odhalovat ohniska epidemie a sledovat šíření nových mutací.
Pilotní monitoring ve 14 lokalitách pražské stokové sítě probíhá už od července 2020 s tím, že vzorkování je zaměřeno především na obytné lokality a frekventovaná místa jako vysokoškolské koleje, nemocnice, obchodní centra a podobně. „Výsledky z tohoto sledování ukazují, že především v obytných oblastech data z odpadních vod velmi dobře korelují s epidemickou situací. V řadě případů byly nárůsty počtů kopií virové RNA pozorovány s předstihem jednoho až dvou týdnů oproti datům z klinických testů publikovaných pro území Prahy,“ vysvětluje docent Jan Bartáček z VŠCHT Praha.
Data, která Bartáčkův tým získal v rámci pilotního monitoringu v Praze a okolí, jsou ale jen předběžná. „Rozsah vzorkování zatím není dostatečný pro kvalitní epidemiologický výzkum, který by mohl být využitý pro řízení epidemiologických opatření na území konkrétních měst, případně celé České republiky,“ říká. „Proto v současné době hledáme podporu pro mnohem rozsáhlejší monitoring.“
Potřebné prostředky by podle Bartáčka mohly poskytnout veřejné instituce i velké tuzemské firmy. Současný výzkum je financován jako rozšíření grantu poskytnutého Technologickou agenturou ČR.
Z nosu až do kanalizace – a zpět
Průkopníkem této metody je Nizozemí, kde je v současnosti centrálně organizován monitoring přítomnosti viru v odpadních vodách ve více než 300 městských čistírnách odpadních vod. Rozsáhlé studie publikovaly i instituce ve Spojených státech amerických nebo ve Velké Británii.
Viry detekované ve stolici obvykle pocházejí z polykání respiračních sekrecí z horních cest dýchacích, zbytků infikovaných imunitních buněk nebo z replikace viru ve střevních buňkách.
Koronavirus se může projevovat nejen horečkou, kašlem, rýmou, dušností nebo těžkou pneumonií, ale i dalšími klinickými příznaky včetně průjmu. Z analýzy údajů z hongkongské kohorty pacientů s COVID-19 a metaanalýzy nálezů z publikací bylo zjištěno, že 17,6 % pacientů s COVID-19 mělo gastrointestinální příznaky a virová RNA byla detekována ve vzorcích stolice od 48,1 % pacientů. A to i ve stolici odebrané poté, co vzorky dýchacích cest měly negativní výsledky testu.
„Zdravotničtí pracovníci by proto měli být opatrní při odběru vzorků stolice nebo při provádění endoskopických zákroků u pacientů s COVID-19, a to i během zotavování pacienta,“ upozorňuje studie z Hong Kongu.
Data čínských vědců ukazují, že u více než poloviny pacientů zůstaly vzorky stolice pozitivní na SARS-CoV-2 RNA po dobu 11,2 dne poté, co vzorky dýchacích cest byly negativní. Z toho vyplývá, že se virus aktivně replikuje v trávícím traktu a může tak dojít k fekálně-orálnímu přenosu. Ano, obáváme se, že to znamená přesně to, co si myslíte, že to znamená.
V odpadních vodách z čínských nemocnic byl detekován už první virus SARS z let 2002-2003. Právě díky zkoumání odpadních vod se tehdy podařilo jeho přítomnost včas detekovat a zabránit propuknutí epidemie SARS v Izraeli, Egyptě a Švédsku.
