Rozvoj oboru závisí na mnoha změnách. Dodnes ho v řadě oblastí ovlivňuje tradice, kterou v praktickém životě nezměnila ani nová dopravní a hospodářská orientace země v posledních deseti letech. Česká lodní doprava patří už dnes neodmyslitelně do hospodářského prostoru západní Evropy, praxe oboru v ČR je ovšem tomuto prostoru stále vzdálena.
Většina českých nákladních plavidel totiž působí delší dobu svého provozu v západní Evropě - v Čechách je provozována nákladní plavba pouze na několika stech kilometrů vodních cest. Právě zde se přitom provozovatelé setkávají s největšími problémy. Provoz lodní dopravy dnes vychází z prostých počtů - každý den zdržení plavidla stojí dopravce řádově 10-15 tisíc korun (podle typu lodi). V prostoru českých vodních cest je každá loď nucena stát několik desítek dnů ročně jen díky stávajícím pravidlům platným v plavebním oboru. A to i v době, kdy je dostatek zboží či dostatek cestujících (v osobní lodní dopravě). Současný systém navíc velmi často počítá s omezováním ponorů lodí, s omezováním doby využívání lodí atp. To se významně odráží v účinnosti provozu lodí. To vše navíc v prostředí, kdy je česká lodní doprava vystavena výrazné konkurenci zahraničních rejdařů, železnic a silničních dopravců, které jejich „mateřské“ státy podporují mnoha způsoby.
