Povodeň způsobila na majetku hlavního města Prahy škody za zhruba deset až 12 miliard korun. Z toho nejméně polovina, podle posledních údajů asi šest miliard korun, připadá na metro. Praha může ze svých zdrojů dát dohromady čtyři až pět miliard s tím, že na obnově metra by se mohlo podílet ministerstvo financí.
Hlavní město mělo předložit státu seznam škod způsobených povodní do 27. září. Voda ochromila dopravu v centru města, přerušila dodávku elektřiny i plynu a potíže vznikly i na datových sítích. Částka 12 miliard nezahrnuje škody na domech a bytech. Některé odhady hovoří až o patnáctimiliardových škodách. Škody na pražských komunikacích přesahují miliardu, a další půl miliardy si vyžádá likvidace odpadů. Rozsáhlé škody vznikly i soukromým firmám. Pražská energetika musela odpojit přes 70 tisíc odběratelů. Velká voda jí způsobila škody na majetku 280 milionů korun a dalších 270 milionů bude muset vložit do obnovy rozvodné sítě. Pražská plynárenská odhadla škody na více než 143 milionů korun.
