Konec sporům, zda v roce 2011 lze zahájit daňovou kontrolu za rok 2007
Během uplynulých dvou let se v České republice objevily spory ohledně počátku běhu lhůty pro vyměření či doměření daně, a to ohledně daní, u nichž má daňový subjekt povinnost podat daňové přiznání. Došlo tak k popření dlouhá léta zastávané teorie 3+1, tedy že lhůta začíná plynout až od konce období, ve kterém se podává daňové přiznání (v důsledku čehož je prekluzivní lhůta vlastně čtyřletá). Naopak se začala praktikovat teorie 3+0, podle níž běh prekluzivní lhůty začíná již na konci období, za které se podává daňové přiznání (tedy prekluzivní lhůta je pouze tříletá). Tento přelom způsobil judikát Ústavního soudu ČR ze sklonku roku 2008, který začal být posléze uznáván a aplikován i ze strany daňové správy a ve výsledku vedl i ke změně legislativy České republiky v roce 2010.
Souboj senátů
Jak se ke zlomovému nálezu Ústavního soudu ohledně teorie 3+0 postavil Nejvyšší správní soud ČR (NSS)? Vydal řadu rozhodnutí, ve kterých nález plně akceptoval. V rozsudku vydaném koncem ledna 2009 (tedy dříve než veškerá další rozhodnutí, v nichž byla teorie 3+0 akceptována) však devátý senát NSS aplikoval starou teorii 3+1 s odůvodněním, že nález Ústavního soudu není aplikovatelný na oblast DPH. Nejednalo se však o jediný senát, který se nechtěl smířit s teorií 3+0. Dne 16. června 2009 pátý senát NSS usnesením postoupil věc rozšířenému senátu. Přesto ještě celý měsíc poté jiné senáty stále judikovaly 3+0. Vyvrcholením tohoto souboje u NSS se stalo další postoupení věci rozšířenému senátu, ke kterému došlo v červenci 2009, kdy postupující první senát naopak chtěl aplikovat 3+0, ale vzhledem k jiným senátům, které aplikují 3+1, nemohl. Věc tedy postoupil právě rozšířenému senátu, aby se názor NSS na tuto problematiku sjednotil.
Až v lednu 2011 byla tato řízení ukončena před rozšířeným senátem NSS, a to ve prospěch 3+0 ohledně „všech daní, u nichž je dána povinnost podat daňové přiznání nebo hlášení a kde je toto ustanovení používáno“. Co to v praxi znamená? Finanční úřad může v roce 2011 zahájit daňovou kontrolu u daní z příjmů nejdéle za období roku 2008, nelze již kontrolovat rok 2007 (za předpokladu, že před uplynutím prekluzivní lhůty nedošlo k úkonu, který by měl za následek prodloužení lhůty, například zahájení daňové kontroly). Podobně u DPH již nelze kontrolovat zdaňovací období, která začala v roce 2007.
Na počátku běhu této lhůty nic nezmění ani nový daňový řád, který s účinností od 1. ledna 2011 nahradil zákon o správě daní a poplatků. V přechodných ustanoveních daňového řádu je upraveno, že okamžik počátku běhu lhůty určený podle zákona o správě daní a poplatků zůstává zachován.
Podrobnější úprava
Daňový řád s účinností od 1. ledna 2011 stanoví počátek běhu lhůty pro stanovení daně jako poslední den lhůty pro podání řádného daňového tvrzení (nová legislativní zkratka pro daňové přiznání, hlášení a vyúčtování). U daně z příjmů za zdaňovací období roku 2011 tedy lhůta pro stanovení daně začne běžet buď 1. dubna 2012, nebo 1. července 2012 (pokud se jedná o poplatníka, který má povinný audit nebo jehož daňové přiznání podává daňový poradce). Délka lhůty je nadále tříletá, tedy u zdaňovacího období roku 2011 by skončila 1. 4. (1. 7.) 2015. Momentálně však zákonodárci zvažují novelu daňového řádu, která by délku této lhůty prodloužila na pět let, lhůta za rok 2011 by tak uplynula až 1. 4. (1. 7.) 2017. Na rozdíl od zákona o správě daní a poplatků potom daňový řád výslovně určuje také důvody pro prodloužení běhu lhůty či případy stavění lhůty neboli okamžiky, kdy lhůta neběží. Stanoví rovněž speciální lhůtu pro případy, kdy soud pravomocně rozhodne o spáchání daňového trestného činu. Daňový řád specifikuje také vazbu na takzvanou účinnou lítost, na jejímž základě může dojít k zániku trestnosti daňového trestného činu. V tomto ohledu je nová úprava mnohem podrobnější než dřívější, neboť zapracovává judikaturu správních soudů a současně reaguje i na některé aplikační problémy.
