Způsob výběru projektů z regionálního operačního programu, z něhož se rozdělují peníze Evropské unie, kritizuje česká pobočka nevládní organizace Transparency International. V průzkumu zaměřeném na Karlovarský kraj a Ústecký kraj zjistila, že při výběrech projektů existuje střet zájmů a kompetenční konflikty.
Například někteří starostové nebo zastupitelé, kteří projekty předkládají, jsou současně v regionálních radách, jež projekty posuzují. „Výzkum ukazuje, že při rozdělování peněz z Evropských strukturálních fondů dochází k závažným systémovým chybám. Možnému zneužívání této situace nahrává neprůhlednost celého systému,“ informovala zástupkyně této organizace Barbora Pěchotová.