České dráhy jako akciová společnost nemusejí ze zákona zveřejňovat v registru své smlouvy. Pro jejich dceřiné firmy ale tato výjimka neplatí. Potíže našel Dan Urbánek konkrétně u firem ČD informační systémy a Výzkumný ústav železniční.
Ohledně nezveřejnění cen v registru existují výjimky. Například, když technicky není možné, aby byla cena předem známa nebo pokud je předmětem obchodního tajemství. Firmy tedy budou mít auditorům či ministerstvu co vysvětlovat.
Otazníky jsou i u dalších firem navázaných na ČD. Například ČD Restaurant, provozující vlakové restaurační vozy či ČD Reality, které by se měly zabývat pronájmy a prodeji pozemků a budov Českých drah, nemají v registru žádné smlouvy. Podle vyjádření drah to znamená, že žádné neuzavřely. Jejich tvrzení ale nelze ověřit.