Na zhruba 400 až 500 milionů korun znějí první odhady celkové výše škod v obchodě, jak je uvedl Svaz obchodu ČR. Tento odhad se týká škod způsobených povodněmi na budovách, zařízení a zboží, nikoliv ušlého zisku obchodních firem.
Jakkoli majetek a základní prostředky nejsou v obchodě tak hodnotově náročné jako třeba v průmyslu, je třeba počítat s rozsáhlými škodami zvláště na zásobách zboží, které bylo v době povodní v obchodech nebo ve skladech zasažených velkou vodou. Z celkové výše odhadovaných škod připadá zhruba 200 milionů korun na větší retailingové společnosti. Z řetězců nahlásily svazu obchodu škody například Delvita za 50 milionů korun. Dále ze Sparu či České obchodní společnosti 25 až 30 milionů korun. Svaz českých a moravských spotřebních družstev, zvláště pak Jednota SD České Budějovice, vyčíslil škody na šedesát milionů korun. Dalších přibližně 200 až 300 milionů korun z celkového objemu škod připadá na malé a střední podnikatele z obchodu a souvisejících služeb.
